Fire Emblem: New Mystery of the Emblem

Сюжет «Новой тайны герба» остался в оригинальной версии. Действие игры разворачивается на континенте Арханея, земле, которая также фигурирует в первой игре Fire Emblem Fire Emblem: Shadow Dragon and the Blade of Light. В «Теневом драконе и клинке света» земле угрожал темный колдун Гарнеф, который призвал в мир темного дракона Медеуса. Сбежав из своего королевства после нападения на его королевство, архейский принц Март отправился на поиски, чтобы вернуть свое королевство и победить Гарнефа и Медеуса. К событиям «Новой тайны герба» старый союзник Марта Хардин взошел на трон, но начинает расширять армию и доминировать над другими регионами Арханеи. Март проводит расследование и обнаруживает, что Гарнеф и Медеус все еще живы, а Хардин был ими развращен.

Новый сюжет, представленный в «Новой тайне эмблемы», включает в себя Аватара и группу убийц, посланных Гарнефом, чтобы убить Марта и его союзников. Убийцы сначала отправляют шпиона по имени Катарина проникнуть в Альтею в качестве нового рекрута, где она подружится с Аватаром и другими членами своего отряда, прежде чем раскрыть свою истинную цель и начать атаку на Март. Новобранцы предотвращают нападение, пока Катарина убегает, а Аватар назначается личным телохранителем Марта, чтобы защитить его от будущих убийств, и сопровождает его во время войны против Арханеи как «Герой Тени».