Xenosaga Episode II: Jenseits von Gut und Bose

Действие происходит на тысячи лет в будущем, когда человечество уже давно покинуло Землю, которая сейчас называется Затерянным Иерусалимом, и основало звездную империю. Главная угроза, с которой приходится сталкиваться человечеству, — это появление сверхмогущественной инопланетной расы под названием Гнозис. История начинается сразу после заключительных событий первого эпизода. Шион Узуки, молодой инженер, спроектировавший мощный андроид КОС-МОС, прибывает со своими друзьями на планету Вторая Милтия. Они стремятся узнать больше о наследии покойного гениального ученого Иоахима Мизрахи и сорвать планы таинственных антагонистов Альбедо и Маргулис. Джин Узуки, брат Шион, который был упомянут только в первой главе, становится важным управляемым персонажем во втором эпизоде. Большая часть содержания сюжета посвящена изучению прошлого и происхождения младшего, а также его связи с Альбедо.